南京虽然最早在六朝时期就有这一称呼，但正式更名是在朱元璋建立明朝之后，定都金陵，改名南京。不过此时的南京只是相对于北京而言，“京”即京师，当然，这时的北京并不是现在的北京，而是开封。洪武十一年，朱元璋罢北京开封，而将金陵南京改为京师。朱棣继位之后，就将北平改为北京，永乐十九年正式升北京为京师，而将原京师仍然称南京。
因此终明一朝，南京与北京都是相对的，真正的都城只是京师。
清朝仍然以明朝京师也即现在的北京为都城，而将南京改名江宁。不过太平天国时期，将江宁改为天京。民国初期，都城也反复在北京和南京之间摇摆，直至1927年宁汉合流以后，正式确立南京为中华民国首都。其实在这期间，南京曾有过短暂改名中山城的讨论，章太炎等极力反对作罢，不过1929年至1930年，南京曾短暂改名过“首都市”。而在1928年直至1949年，北京被国民政府改成北平。
新中国成立之后，也曾在定都问题上有过犹豫，包括哈尔滨、西安、开封、南京、北京都是考虑的范围，最后还是毛主席咨询王稼祥等意见，最终定都北平，并改名北京。此时南京仍然称南京，但是是作为中央直辖市之一。
新中国成立之后南京不改名，大概是因为中国共产党并不相信这些，并不相信改了名字国家就不会被推翻，哪怕相信所谓的王朝宿命论，也正如王稼祥所言“凡建都金陵的王朝，包括国民党都是短命的”。就像毛主席在确定定都北平时说“蒋介石政权基础是官僚资本，因此他定都南京，我们的政权基础是人民群众，因此我们定都北平”。
再者，作为古都，也有保存其历史的原因。此外，确定北平为首都的同时，还确定了十三个中央直辖市，南京亦是其一，一直至1952年改为省辖市，1953年又改为省会。
京(睛)是高的省形“”和小会意而成的字。高指示高台上的瞭望阁楼，古代观风景的地方;小表示瞭望的阁楼较小，用于储藏珍惜的宝贝、经书等。借“睛”声表示瞭望的阁楼就像人的眼珠，是建筑物的精华之处。引申国都，是政治、文化、经济的中心;也是精英荟萃，物宝天华之地;居京之人有一定的优越感，以居京自矜、自豪。
地隆起为丘，人为之绝高地为丘，丘之绝高大者为京。京非每个地方人人可建，京都的山川河流、风物人文是顺天地自然之性造化而成。
